На зрив Мазепи Москва негайно відповіла, крім військових акцій, також низкою інших заходів, що мали на меті всякими засобами московського «кнута і пряника» паралізувати акцію Гетьмана й позбавити його підтримки української людности. Московське становище було тим вигідніше, що тут, на місці, були й сам цар, і головне військове командування (Шереметєв і Меншіков), і навіть керівні члени уряду – так звана Міністерська канцелярія, у складі канцлера Ґоловкіна, його помічника Шафірова й професійного дипломата, колишнього московського посла у Польщі, князя Григорія Долгорукова. І хоч Петро твердив (у листі до Меншікова з дня 27 жовтня 1708 р.) про «нечаянный никогда злой случай», але маємо враження від усіх його дій у той час, що ця несподіванка, хоч, може, в якійсь іншій формі, передбачалася вже раніше.
Діставши від Меншікова вістку, що Гетьман «совершенно измнил», Петро, який був тоді коло Новгорода-Сіверського, видав 27 жовтня маніфест до українського народу, в якому сповіщав, що «Гетман Мазепа безвъстно пропал, и сумнъваемся мы того для, не по факціям ли каким непріятелским». Цар наказував генеральній старшині, полковникам і «протчим» негайно з’явитися до нього «для совътов», а «буде он, Гетман, конечную невърность явил, то и для обранія новаго гетмана». Наступного дня, коли ситуація стала цілком ясною, Петро новим маніфестом сповіщав український народ про те, що Мазепа «измънил и переъхал к непріятелю нашему королю швецкому, по договору с ним и Лещинским... дабы co общаго согласія с ними Малоросійскую землю поработить попрежнему под владъніе полское и церкви Божій и святые монастыри отдать во унію». За порадою Меншікова, цар демагогічно писав про те, що Мазепа «хитростію своєю без нашего указу аренды и многіе иные поборы наложил на Малоросійской народ, будто на плату войску, а в самом дълъ ради обогащенія своего. И сіи тягости повелъваем мы нынъ с Малоросійскаго народу отставить». Як «государь и оборонитель Малоросійского краю», цар наказував «для лучшаго упрежденія всякого зла и возмущенія в Малоросійском народъ от него, бывшаго гетмана», щоб «вся старшина генералная и полковая съзжалась немедленно в город Глухов для обранія по правам и волностям своим волными голосами новаго гетмана». В тих же днях (27-31 жовтня) були надіслані персональні запрошення до полковників, яким обіцяно було царську «высокую милость» і різні нагороди , а також до вищого українського духовенства – митрополита київського Йоасафа Кроковського, чернігівського архиєпископа Іоана Максимовича й переяславського єпископа Захари Корниловича, по яких послано було ще нарочного – князя Б.І. Куракіна. Окреме запрошення було вислане до кошового отамана Запоріжжя Костя Гордієнка . Відповідні повідомлення були надіслані й до поодиноких міст Гетьманщини . Всі ці маніфести й накази царя були початком широкої пропаґандивної кампанії (Крупницький влучно називає її «війною маніфестів»), що розгорнулася в останніх місяцях 1708 р. поміж Петром І і новим гетьманом І. Скоропадським – з одного боку, й Карлом XII і гетьманом І. Мазепою – з другого боку, й мала на меті вплинути на думку й поставу української людности.
Але Москва не обмежилася лише пропаґандою. Цар наказав Меншікову захопити гетьманську столицю Батурин, де була головна українська артилерія («пушечной великой снаряд») із запасами пороху та набоїв, склади харчів і генеральний скарб та архіви українського уряду.

Від’їжджаючи з Батурина до шведського короля, Мазепа доручив оборону своєї резиденції сердюцькому полковникові Дмитрові Чечелю , осаулові Генеральної Артилерії Фрідріхові Кеніґсеку  і батуринському сотникові Дмитру Нестеренкові . У Батурині стояли чотири сердюцькі полки (Чечеля, Покотила , Дениса і Максима), а також частини козацьких полків Лубенського, Миргородського та Прилуцького, разом понад 3 000 чол. Залозі було наказано боронити фортецю від москалів і триматися там до повернення Гетьмана зі шведським військом.
Наказ Гетьмана був виконаний. Ні намови Меншікова й князя Д. Ґоліцина, які підійшли до Батурина з 10-тисячним військом, ні письмовий царський наказ Чечелеві (датований 29 жовтня), ні слабкість батуринських укріплень, ні стара незгода між козаками й сердюками не вплинули на оборонців міста. Всі вони, «как старшина, так и товарыщство, единогласно отвЪщали» московським воєначальникам, «что без нового гетмана нас (москалів) в город не впустят, а гетмана де надлежит им выбирать общими голосами. И пока де швед из здъшних рубежей не выступит, по то время и гетмана им обирать невозможно» (лист Меншікова до Петра І з 31 жовтня 1708 р.). Меншіков писав цареві, що «ни малой склонности к добру в них (батуринців) не является, и так говорят, что хотят до послъдняго человъка держатца» (31.Х.1708 p.).
1 листопада вранці розпочалися воєнні дії. Батуринці «начали по нас (московське військо) стрълять ис пушек... и посад кругом города зажгли». На нову пропозицію здатися, батуринці відповіли Меншікову: «мы де всъ здсь помрем, а президіума (московської залоги) в город не пустим» (лист Меншікова до царя з 1 листопада 1708 р.). Вночі проти 2 листопада московське військо пішло в наступ і після двогодинного бою, завдяки допомозі деяких зрадників (зокрема прилуцького полкового обозного Івана Носа ), оволоділо Батурином. 2 листопада «о 2 часу пополуночи» Меншіков сповіщав царя, «что мы сего числа о шти часах пополунчи здшную фартецію з двух сторон штурмовали и... по двучасном огню, оную взяли».
Почалася Батуринська трагедія. Столиця Гетьманщини, з усіма державними установами, з палацом Гетьмана й церквами , які він збудував, з так близькою Мазепиному серцю бібліотекою і збіркою зброї, що їй рівну не легко було знайти в цілій Европі , з усім тим, що за двадцять літ свого панування зібрав там великий державний і культурний діяч України, стала жертвою вогню й московського варварства. Сучасні джерела одностайно свідчать про тотальне знищення міста та його людности. Про це оповідають шведські учасники походу, які бачили на власні очі згарища Батурина. Про це повідомляли свої уряди чужоземні дипломати в Москві. Прусський посол Кайзерлінґ писав своєму королеві 28 (17) листопада 1708 р., що Меншіков у Батурині «alles massacriret... das Schloss und die Stadt geplündert mid nachmahls eingeäschert worden». Це ж стверджує й англійський посол Вітворт. Це визнають і російські джерела. Новгородський (III) літопис, докладно описуючи події на Україні 1708-1709 рр., каже, що «великій государь (Петро І)... град его (Мазепи) столный (Батурин) разори до основанія и вся люди посъче».

Страшну картину батуринської руйнації малює український сучасник подій (Лизогубівський літопис): «Много там (у Батурині) людей пропало от меча, понеже збъг был от всъх сел... Много ж на Сеймъ потонуло людей, утекаючи чрез лед еще некръпкій; много и погоръло, крившихся по хоромах, в ліохах, в погребах, в ямах, где паче подушилися, а на хоромах погоръли, ибо хотя и вытрубленіе було – престать от кровопролитія, однак выходящих от покрытія войско заюшеное, а паче рядовые солдаты, понапившися, кололи людей и рубали, а для того боячися, прочіе в скрытых мъстах сидъли, аж когда огонь обойшол весь город, и скрытые пострадали. Мало однак от огня спаслося и только одна хатка, под самою стъною вала стоячая, уцълъла, нъякогось старушка» .
Коли 8 листопада Мазепа й шведи побачили руїни і згарища Батурина, ще «крови людской в мъстъ и на предмъстью было полно калюжами» (Чернігівський літопис). «Ревно плакал по Батуринъ Мазепа», який сказав Орликові: «Теперь все пойдет иначе: Украина, устрашенная судьбою Батурина, будет бояться держаться c нами за одно» (лист Орлика до Яворського).
Батурин був знищений на виразний наказ Петра: «А Батурин в знак измънникам (понеже боронились) другим на приклад зжечь весь» (лист до Меншікова з 5 листопада 1708 р.) . Тільки недобитки батуринської людности могли врятуватися втечею, а дехто потрапив до московського полону на довгі роки. Недарма цар загрожував іншим українським містам долею Батурина на випадок їх непослуху Москві.
Вся генеральна артилерія (70 гармат), військові запаси, чималий скарб (державний і гетьманський), державні клейноди  та архіви  дісталися переможцям. «Артилерію, сколко могли взять, везем c собою, – писав Меншіков Петрові з Конотопа 3 листопада, – а протчую тяшкую, а имянно нъсколко самых болших пушек, розорвали» .
Керманичі оборони Батурина стали жертвами московської помсти. Чечель, Нестеренко та інші українські старшини були страчені в Глухові. Важкопоранений Кеніґсек помер у дорозі, й кара була виконана на його труні .
Трагічна доля Батурина була великим ударом для української справи. Шведський учасник походу 1708-1709 рр. полковник граф Ілленштієрна писав: «Мордування, яке тут (у Батурині) було вчинене, навело такий терор на цілу країну, що не тільки більша частина України, а в тому числі й ті, що з прихильності до шведів рішилися були на повстання, залишилися по своїх домах, але й переважаюча кількість війська, що прийшло до шведів з Мазепою, перейшла до ворога, а це викликало у нас великі недостачі і перешкоди в усіх наших пізніших акціях».

Протягом наступних місяців на Україні відбувалися численні слідства й жорстокі кари над усіма, хто був причетний або тільки запідозрений у причетності до справи Мазепи. Це мало місце скрізь, де була московська влада (зокрема в Києві), але особливо страшну пам’ять, яка була жива ще в добу «Історії Русів» (перша чверть XIX ст.), залишила по собі діяльність слідчої канцелярії в Лебедині (на Слобожанщині, недалеко від границі Гетьманщини). Там була тоді царська головна квартира й було зосереджено більшість слідчих справ, що провадилися з особливою ретельністю й жорстокими тортурами.
Найголовнішим завданням Москви було перевести вибори нового гетьмана. Це питання було не нове: воно цікавило, безперечно, і українські провідні кола ще за життя Мазепи, і московський уряд, коли прийшли відомості про смертельну хворобу Гетьмана. Нам невідомі докладніше думки і пляни Мазепи щодо свого наступника. Можна думати, однак, що Гетьманові хотілось, щоб його спадкоємцем (не лише його майна, а згодом і княжого титулу) був хтось з його рідних – спочатку Обидовський, а потім Войнаровський, і це не було секретом у батуринських урядових колах. Але Мазепа добре розумів, що Войнаровський ні віком, ні заслугами не може бути кандидатом на булаву. Ним міг би бути лише хтось з вищої української старшини, людина великого урядового стажу й авторитету, доброго маєтку і – що найголовніше – кандидатура, прийнятна і для старшини, і для Москви, і для самого Мазепи. На нашу думку, таким кандидатом, зокрема в очах Мазепи та Москви, був полковник стародубівський Іван Скоропадський.
Коли Петро І довідався, що Мазепа при смерті, він наказав Ґоловкінові (коло 21 жовтня 1708 р.) їхати самому або князеві Г. Долгорукову до Гетьмана «и предъуготовить, ежели воля Божія какая c оным опредълитца, чтоб, не мъшкав, другово, для чего нехудо, чтоб Скуропацкой недалеко был». Що кандидатура Скоропадського була відома в московських урядових колах, як Мазепина рекомендація, свідчить лист Дашкова до Ґоловкіна, писаний вже після зриву, десь у листопаді 1708 р. Дашков, можливо, маючи інформації також із польських джерел, писав: «Ежели оберут гетманом Скуропацкого, надобно имъть и на него око, понеже он есть креатура Мазепина: он его возставил и обогатил». Тому не дивно, що, коли Петро довідався про перехід Мазепи до шведів, кандидатура Скоропадського спочатку відпала, і цар намічав на наступника Мазепи миргородського полковника Д. Апостола. «И буде полковник Миргородцкой гдъ в близости обрътаетца, – писав він Меншікову 27 жовтня, – то прикажи ево сыскав к нам прислать, обнадежа ево милостію нашею, потому что он великой непріятель был Мазепъ». Петро ще не знав тоді, що Апостол був разом з Мазепою у шведському таборі.
На обрання нового гетьмана у Глухові  з’явилися тільки полковники стародубівський – І. Скоропадський, чернігівський – П. Полуботок і наказні полковники переяславський – С. Томара і ніженський – Л. Жураковський . Полтавський полковник І. Левенець волів вичікувати, чия візьме, і, посилаючися на потребу боронити Полтаву, до Глухова не поїхав. Решта полковників (крім тих, що були з Мазепою у шведів) була на Правобережжі й не брала участи у виборах. Обирати, справді, було не важко. Полуботок, незважаючи на його стару ворожнечу з Мазепою, здавався Петрові непевним і до того ще його в’язали родинні стосунки з багатьма мазепинцями, що були на той час у шведів . Лишалася єдина кандидатура Скоропадського, старшого віком і стажем, більш відомого в Москві, який засвідчив свою льояльність до царя у критичний момент боротьби за Сіверщину. Зрештою, ця кандидатура була не нова для старшини. 6 листопада 1708 р. Скоропадський був обраний на гетьмана України (1708-1722).

Іван Ілліч Скоропадський (к. 1646-1722) у 1708 р. мав понад 60 літ життя і кілька десятків років старшинського стажу. Уманець з походження, він 1674 р. перейшов на Лівобережжя. За Самойловича був військовим канцеляристом (1675-1676), старшим військовим канцеляристом (1676), чернігівським полковим писарем (1681-1694). Це була розумна й тактовна людина, з певним дипломатичним хистом («ростропный человък», як називав його гетьман Самойлович ), і не дивно, що Самойлович давав йому досить відповідальні доручення до Москви (в 1675 і 1676 рр.). Року 1681 він посланий був у Крим у зв’язку з переговорами, що закінчилися Бахчисарайським миром. Його службовій кар’єрі чимало допомогло одруження з дочкою чернігівського полкового обозного Калениченка . Майбутній гетьман, їдучи одружуватися (1678), мав при собі лише одного челядника, четверню коней і «палубець». Але незабаром почалося його збагачення з допомогою тестя Калениченка. Року 1681 він разом з тестем здобув гетьманський універсал на млин на р. Вирі, а в 1687 р. (25 серпня) один з перших одержав від нового гетьмана Мазепи універсал на маєтки, які він встиг на той час зібрати: села Вихвастів і Боровицю з слободою Дроздовицею і кілька млинів. Усі ці володіння ствердила йому царська грамота 1689 р. Користуючися підтримкою Мазепи, якому він, можливо, чимсь прислужився під час Коломацького перевороту, Скоропадський робить собі і службову, і маєткову кар’єру. Гетьман Мазепа посилає його з різними дорученнями до Польщі (1690 ), до Москви (1693, 1696), до Січі (1703) тощо. Року 1698 він здобуває уряд генерального бунчужного, 1700* p. – генерального осаула (другого) , а 1706 р. Мазепа призначає його на дуже важливий уряд стародубівського полковника.
У 1699 р. Гетьман «респектом... пана бунчучного войскового енералного Ивана Скоропадского значних и працовитых при боку нашом услуг» надав йому «ко вспартю и вспоможеню» в «зуполную моц и поссессію» с. Івашків, що перед тим належало тестеві Скоропадського Калениченкові. Нове одруження (к. 1700 р.)  з дочкою багатого прилуцького орендаря Марка Аврамовича (Марковича ), вдовою колишнього генерального бунчужного з 1678 до 1687 р. Костянтина Голуба  (шваґра Самойловича), ще більше зміцнило маєтковий стан Скоропадського, бо Настасія Марківна мала значні достатки .
Уже саме призначення Скоропадського на стародубівське полковництво свідчить про те, що Мазепа цілком йому довіряв. Стародубівський полк був важливою економічною частиною Гетьманщини і, завдяки своєму прикордонному положенню, мав особливе політичне і стратегічне значення. Підтримка стародубівської старшини й міського патриціяту була дуже важлива для політичних плянів Мазепи. Стародубівський полковник І. Скоропадський і стародубівський війт С. Ширай, очевидно, мали бути надійними провідниками політики Мазепи на півночі Гетьманщини. Так чи інакше, призначення Скоропадського стародубівським полковником підтверджує свідчення Кочубея про його близькість до Мазепи.

Мазепа був цілком певний щодо Скоропадського, коли 30 жовтня 1708 р., вже зі шведського табору, писав йому, щоб він старався «всъми способами, по данном себъ от Бога разуму и искуству, московское войско з Стародуба искоренити». На випадок, «если бы... до искорененія того кгварнъзону московского, в Стародубъ зостаючого, толко силы и способу не мъл, теды радим... оттуль уходити и до боку нашого в Батурин з товариством поспъшати, жебы не попал з неповътованным жалем нашим в московскія руки». Скоропадський не одержав цього листа . Зрештою, оточений московським військом, він і не міг би виконати доручення Гетьмана. Про те, що Скоропадський був прибічником Мазепи, знали і в шведському таборі. Очевидно, з цих джерел французький посол у Стокгольмі Кампредон писав міністрові закордонних справ де Торсі (11 січня 1709 р.), що «Скоропадський... є особистий приятель Мазепи».
Скоропадський виправдав довір’я Мазепи. В найстрашніші часи для України після Полтавської катастрофи, в умовах фактичної московської окупації, він робив усе що міг для того, щоб боронити інтереси Української держави. Звичайно, Скоропадський не міг не повернутися до старої політики Мазепи щодо Москви, але московський уряд ніколи повністю йому не довіряв , дістаючи до того ще від своїх аґентів на Україні – московських і українських – численні факти й далеко не завжди безпідставні доноси на Гетьмана про його доброзичливе ставлення до мазепинців, що залишилися на Гетьманщині, і до самого Мазепи. Ці факти досить відомі. Навіть у своїх універсалах Скоропадський уникає офіційної московської термінології щодо «измънника» Мазепи, називаючи його звичайно або «бувшим гетьманом», або «нашим антецесором». Ім’я і пам’ять Скоропадського завжди залишалися чистими в колах української мазепинської еміґрації. Й коли гетьман Пилип Орлик довідався про смерть Скоропадського, він записав у своєму щоденнику: «Нехай душа його на віки вічні живе в радостях Господніх! Колись це був великий і любий мій приятель» (27 травня 1723 р.).
Всі ці заходи московського уряду мали насамперед військово-політичне значення. Але Москва не обмежилася самою аґітацією проти Мазепи як свого національно-політичного ворога. Треба було знищити Гетьмана як людину. Весь час, аж до смерти Мазепи, Петро І вживає всіх заходів, щоб дістати його живого в руки московських катів. Тим часом було переведене заочне «покарання» Мазепи за детально розробленим церемоніялом, де пропаґандивні цілі перепліталися із звичайною жадобою помсти. На початку листопада 1708 р. у Глухові відбулася низка огидних церемоній, що мали неабиякий вплив на українську людність. Вони докладно описані, зокрема в листі Ґоловкіна до російського посла в Константинополі П.А. Толстого з дня 9 листопада 1708 р. Перед самим обранням нового гетьмана «над персоною» Мазепи було «учинено уничтоженіе». «В началъ, – пише Ґоловкін, – ево диплом от е. ц. в. изодран и от его свътлости князя Меншикова и от меня, аки обер-камергера, и обоих нас того ордина Святаго Андрея ковалеров, во образ Мазепы, от е. ц. в. ему напред сего всемилостивъйше данной орден снят... И та ево персона напослъди ногами с лсницы столкнута и потом от ката взята и до висълицы, которая на рынку обръталась, на веревкъ  тощена, а тамо уже его, Мазепина, учиненная измъна к своєму суврену без всякой далной причины к разоренію сего народу, и что оный от всъх чинов отставлен и измънником и шелмом деклярован, явственно всему народу об’явлен. Герб ево от ката изодран и изтоптан, ево сабля от того ж ката переломлена и по персонЪ тъми обломки ударена, и напослъди помянутая ево персона на висълицу повъшена» .

Вінцем цього «уничтоженія» Мазепи був наказ царя вищим церковним чинникам, українським і російським, Мазепу «публично в соборной церкви проклятію предать», себто виголосити церковну анатему на Мазепу, який «оставя православіе, к еретикам Шведам ушел... і, вмъсто защищенія також как великой строітель оных был святым церквам, нынъ проклятой гонитель оным учинился, понеже недалеко от Новагородка Шведы в одной церкви лошадей поставили...» (указ митрополитові рязанському, місцеблюстителю патріяршого престолу Стефанові Яворському з 31 жовтня 1708 р.).
Наказ був слухняно виконаний. 12 листопада в Москві, в Успенському соборі – місці коронації московських царів і російських імператорів – у присутності єпископату, царевича Олексія Петровича, бояр та інших осіб митрополит Стефан Яворський, українець і давній приятель гетьмана Мазепи, перевів церковний обряд прокляття «за измъну и въроломство» (виголосивши при цьому відповідне казання) на того, хто завжди був вірним сином православної церкви й великим, найбільшим з усіх українських гетьманів, її добродієм.
Того ж дня у Глухові, в Троїцькій соборній церкві, після літургії й молебня в присутності царя й членів московського уряду, а також гетьмана Скоропадського й старшини вище українське духовенство на чолі з митрополитом Йоасафом Кроковським «предало Мазепу въчному проклятію», причому новгородсіверський протопоп Атанасій Заруцький, давній панегірист, а потім ворог Мазепи, «сказывал казанье, напоминая о прежде бывших измънниках прострацію...». Того ж дня царський маніфест оголосив Мазепу «богоотступным измънником», що «от въры православной и Церквей христіанских отлучен». І того ж дня з друкованими посланнями тотожного змісту звернулися до своєї пастви вищі українські ієрархи – митрополит Йоасаф Кроковський, архиєпископ Іоан Максимович і єпископ Захарія Корнилович.
Нема найменшого сумніву, що навіть ці листи українського єпископату були звичайнісіньким диктатом царської канцелярії. Ця анатема (поширена також на всіх, хто пішов за Мазепою) була внесена в «чин православія» й «мало не до кінця XIX ст. ім’я гетьмана Мазепи згадувалося щорічно під час відправи «чина анафематствованія» (або «чина православія») в першу неділю Великого Посту» (Біднов). Годі й казати, що за межами Російської імперії жадна православна церква ніколи не визнавала цієї «анатеми», що, проте, незважаючи на всю її церковну неправосильність, не могла не справити свого враження на українську людність того часу .
Всі засоби терору, психічного і фізичного – пропаґанду, обіцянки й погрози, цивільні церемонії й церковні обряди, зневагу і знущання, кари in effigie й найжорстокіші іп absentra тортури і страти, меч і вогонь, – все кинула Москва в 1708 р. проти гетьмана Мазепи та його однодумців, а заразом і проти всіх прагнень українського народу до волі й незалежности. І це залишилося залізною традицією московського імперіялізму аж до сього дня.